橡膠HMGR蛋白的生物信息學(xué)分析與同源模建

利用生物信息學(xué)方法分析了橡膠HMGR蛋白的氨基酸組成、等電點、疏水/親水區(qū)、二級結(jié)構(gòu)等蛋白質(zhì)性質(zhì),并同荔枝、擬南芥和水稻的蛋白進行了對比,并用生物信息學(xué)軟件對其空間結(jié)構(gòu)進行了模擬,同時對模建結(jié)果進行了結(jié)構(gòu)質(zhì)量的分析與檢測.結(jié)果表明:該蛋白共有575個氨基酸,等電點為6.44,二級結(jié)構(gòu)中α螺旋占45.91%,β折疊片占13.04%,無規(guī)卷曲占35.83%.三維結(jié)構(gòu)檢測表明,此模型的結(jié)構(gòu)符合立體化學(xué)規(guī)則.此外,利用該模型預(yù)測了配體SIM和ADP在HMGR結(jié)構(gòu)空間的近似位置,并定位了與SIM和ADP作用的相關(guān)殘基.

作 者： 吳春太 李維國 高新生 張曉飛 WU Chuntai LI Weiguo GAO Xinsheng ZHANG Xiaofei   作者單位： 中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院橡膠研究所/國家橡膠樹育種中心,海南儋州,571737  刊 名： 熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)  英文刊名： CHINESE JOURNAL OF TROPICAL AGRICULTURE  年，卷(期)： 2009 29(10)  分類號： S794.1  關(guān)鍵詞： 橡膠   HMGR蛋白   生物信息學(xué)   同源模建  

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