k-長DNA子序列頻數(shù)分布研究

在詳細闡述了生成DNA序列分形圖像的Hao方法后,提出一種能夠直觀顯示k-長DNA子序列頻數(shù)分布差異性的三維頻數(shù)分布圖生成方法.把3D頻數(shù)分布圖轉(zhuǎn)化為1D對數(shù)頻譜圖,突出顯示了頻數(shù)分布的局部特征,提出k-長DNA子序列頻數(shù)區(qū)劃分準則,并詳細研究了甚高頻數(shù)區(qū)的n階零間隔現(xiàn)象,指出n階零間隔分布就是基因組進化過程所留痕跡的假設(shè),并給出對數(shù)頻譜圖特征的生物學(xué)解釋.實驗發(fā)現(xiàn)許多DNA序列頻數(shù)概率分布近似服從非中心F分布,對于分布呈多峰現(xiàn)象的基因組序列,可采用多個非中心F分布的疊加來擬合.在比較非中心F分布與Gamma分布后,提出一種結(jié)合二者在擬合方面具有互補優(yōu)勢的新分布,實驗證明這種新分布能夠更好地吻合實際DNA序列的頻數(shù)分布.最后研究了兩種特異出現(xiàn)頻數(shù)(最高出現(xiàn)頻數(shù)與出現(xiàn)頻數(shù)為1的k-長子序列個數(shù))與k值的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)不同物種的這兩種關(guān)系具有良好的一致性.

作 者：   作者單位：   刊 名： 生物物理學(xué)報  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2006 22(3)  分類號： Q5  關(guān)鍵詞： DNA序列   k-長DNA子序列   三維頻數(shù)分布圖   非中心F分布   分形   n階零間隔  

【k-長DNA子序列頻數(shù)分布研究】相關(guān)文章：

柔紅霉素與DNA作用的序列特異性研究04-26

猛禽和夜鷹類的線粒體DNA序列比較和分子進化關(guān)系的研究04-26

不同分布ψ-混合序列的極限結(jié)果04-26

順式DNA元件在長距離的增強子與啟動子之間的調(diào)控機制研究04-27

圖的偶圍長與k-聯(lián)性04-26

參數(shù)序列比對算法研究04-26

Λ-、Δ-[Rh(bpy)2chrysi]3+對含C:T錯配的DNA序列識別作用的分子模擬研究04-26

魚類DNA聚合酶δP12亞基cDNA克隆與序列分析04-26

星洲銀羅非魚線粒體DNA的RFLP研究04-27

室內(nèi)懸浮顆粒的分布規(guī)律研究04-27