植物類金屬硫蛋白半胱氨酸富含區(qū)結構的建模

詳細了解蛋白質(zhì)的三級結構信息有助于理解其生物學功能.隨著植物基因組研究的進展,已發(fā)現(xiàn)了50多個植物類金屬硫蛋白(Metallothionein-Like, MT-L)基因.但至今只有少數(shù)幾個MT-L蛋白得到了純化,而其結構尚無報道,因此有必要建立分析這類蛋白結構特征的方法.本研究根據(jù)已知的哺乳動物MT的結構數(shù)據(jù),分析得出了CXC、CXXC模式和金屬-硫絡合簇結構原子間的距離限制條件,并用距離幾何算法計算得出預測蛋白可能的構象;然后通過統(tǒng)計分析篩選出目標函數(shù)值顯著較小、構象能低的結構作為這些蛋白半胱氨酸富含區(qū)的預測結構,由此建成了適合于植物類金屬硫蛋白半胱氨酸富含區(qū)的結構預測方法.從應用該方法正確地預測出了已知結構的藍蟹MT的結構來看,該方法是可行的.并用該方法預測了油菜MT-L蛋白的半胱氨酸富含區(qū)的結構.

作 者： 何紅珍 朱春明 呂暾 張日清 趙南明 劉進元   作者單位： 清華大學生物科學與技術系,生物膜與膜生物工程國家重點實驗室,北京,100084  刊 名： 植物學報  ISTIC SCI 英文刊名： ACTA BOTANICA SINICA  年，卷(期)： 2002 44(10)  分類號： Q945  關鍵詞： 植物類金屬硫蛋白   半胱氨酸富含區(qū)   三級結構預測   距離幾何算法   plant metallothionein-like protein   cysteine rich domain   tertiary structure prediction   distance geometry algorithm  

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